Raspadom Jugoslavije nastala je devedesetih godina prošlog stoljeća, među ostalima i samostalna država Bosna i Hercegovina. Novu političku stvarnost slijedila je i crkvena: umjesto dotadašnje zajedničke osnovana je 1994. godine posebna Biskupska konferencija Bosne i Hercegovine. Čine je biskupi četiriju nad/biskupija s ovog prostora, a u njezin je sastav ušao i 2011. godine osnovani Vojni ordinarijat u BiH.